2008.2.22追記
やっと公式発表でました。

Office 2008 Q & A ページ
http://www.microsoft.com/japan/mac/products/office2008/qanda.mspx

Q. 縦書きだと句読点や括弧の向きが変。
http://www.microsoft.com/japan/mac/products/office2008/qanda.mspx#009

A. Mac OS X 10.5 Leopard 上で Word 2008 を使用し、MS フォントを縦書きにすると、句読点や括弧の向きが正しく表示されません。Mac OS X を 10.5.2 にアップグレードすることで解決します。

だそうです。

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2chの「Microsoft Office: mac v.9」スレ（前スレあたりからか）でもだいぶ話題に上がってますが、

Word2008でMS明朝を縦書きで使用すると、括弧・句読点が横書きでしか表示されない。
Q2008002980
http://www.kotaete-net.net/Default.aspx?pgid=14&qid=8033192048

過去の縦書き文書の括弧や棒線が2008では横書き型になってしまう
Q2008002554
http://www.kotaete-net.net/Default.aspx?pgid=14&qid=24099064819

Leopardで起こるらしい。
現時点では2004なりの古いフォントが入っていればそちらを使う等対処法があるようですが、まだ発売したばかりだからねぇ。
これはMicrosoftの正式なサポート待つしかないでしょう。
また、フォントのことだけでなく他にも問題山積のようです…

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Microsoft Office: mac v.9 スレより
263 ：名称未設定：2008/01/20(日) 17:25:18 ID:+CwMU+Is0
Wordヘルプの「Word 2008の既知の問題」というところに
いろいろと制限事項が書いてあるのを発見した。
縦書きフォントの句読点の件もそこに書かれている。
これらの問題がわかっていながら出荷したのか。
信じられん。

ﾋﾄﾞｽ！